Comparatif 2026 des logiciels de facturation électronique pour les PME

Notre sélection des 3 meilleurs logiciels

Un logiciel CRM français intuitif pour TPE et PME

Une plateforme tout-en-un pour la gestion de vos finances

Logiciel de comptabilité dédié aux indépendants

Avec l’obligation progressive de la facturation électronique en France d’ici 2026 – 2027, les PME doivent s’équiper de solutions adaptées pour éditer et recevoir des factures conformes aux nouvelles normes. Comment s’y retrouver parmi ces solutions de facturation électronique ? Nous avons analysé les principaux logiciels afin d’identifier leurs usages, fonctionnalités, tarifs, avantages et limites. Ce comparatif se concentre sur des solutions adaptées aux PME françaises (tous secteurs), et prêtes pour la dématérialisation fiscale à venir.
Comparatif Logiciels Facturation Electronique PME

Notre sélection des solutions adaptées aux PME :

  • Sellsy, la solution française complète de facturation, pensée pour les TPE & PME souhaitant centraliser gestion commerciale, devis, facturation, paiements, trésorerie et marketing.
  • Pennylane, le logiciel de gestion financière tout-en-un, reliant comptabilité, facturation et pilotage en temps réel pour les dirigeants de PME.
  • Indy, l’outil de comptabilité automatisée pour les PME, avec création de factures, synchronisation bancaire et déclaration fiscale simplifiée.
  • Abby, l’alternative accessible pour les PME, qui permet de créer des factures en quelques clics et de suivre ses revenus.
  • Evoliz, le logiciel français conçu pour les TPE/PME, avec facturation, comptabilité, gestion de trésorerie et synchronisation bancaire intégrée.
  • Esker, la solution cloud robuste, orientée grandes entreprises et PME en développement.
  • Tiime, l’application intuitive qui combine facturation et comptabilité et accompagnement humain, idéale pour les petites structures.
  • Axonaut, l’outil français de gestion d’entreprise tout-en-un (CRM, devis, factures, compta), pensé pour les PME qui veulent tout centraliser sans complexité.

1. Sellsy, la solution française complète de facturation pensée pour les TPE & PME

Aperçu du tableau de bord de Sellsy
Aperçu du tableau de bord de Sellsy

Sellsy est une solution française de gestion d’entreprise en ligne incluant des modules de CRM, Marketing, facturation, comptabilité simplifiée et gestion de trésorerie.

Conçue pour les TPE / PME en croissance, elle permet de centraliser tout le cycle devis → facture → paiement dans un seul outil, avec un suivi client intégré (historique, relances, portail client).

Très complet, Sellsy couvre aussi les achats, abonnements, … grâce à de nombreuses fonctionnalités avancées (catalogue produits connecté aux données officielles SIRENE, relances automatiques paramétrables, export comptable FEC, API ouverte…).

Côté conformité Sellsy est Plateforme Agréée pré-immatriculée, vous permettant l’envoi et la réception de vos factures en toute conformité.

L’interface est un peu dense au premier abord, mais reste moderne et agréable, avec des tableaux de bord de pilotage en temps réel (CA facturé/encaissé, retards de paiement, top clients…).

PS : si vous voulez en savoir davantage sur Sellsy, n’hésitez pas à jeter un oeil à notre avis complet sur la solution.

✅ Avantages❌ Axes d’amélioration
Tous les outils du cycle de facturation sont intégrés dans une solution uniqueInterface dense pour les débutants (liée à la richesse fonctionnelle)
Factures aux normes (Factur-X, UBL…) et Plateforme Agréée pré-immatriculée.Pas de module gratuit ou d’offre freemium
Relances clients automatiques pour réduire les retards de paiement.
Écosystème évolutif et intégré : API puissante, nombreuses intégrations compta/banque/e-commerce et données hébergées en France (Scaleway) pour plus de sécurité.

Sellsy propose 3 formules (engagement annuel, prix par utilisateur) : Standard à 39€ HT/mois, Evolution à 59€ HT/mois, Elite à 79€ HT/mois. À noter que Sellsy ne propose pas de version gratuite, mais un essai gratuit est disponible.

Envie de tester gratuitement Sellsy ?

Sellsy
Un logiciel CRM français intuitif pour TPE et PME

2. Pennylane, le logiciel de gestion financière tout-en-un pour les dirigeants de PME

Interface Facturation Pennylane
Aperçu de l’Interface Pennylane pour le Suivi des Transactions

Pennylane est une solution française qui unifie la facturation, la gestion de trésorerie et la comptabilité au sein d’une même plateforme cloud.

Pensé à la fois pour les dirigeants de PME/TPE et pour leurs experts-comptables, Pennylane permet de collaborer en temps réel : les factures clients et fournisseurs, les transactions bancaires synchronisées et les justificatifs sont centralisés pour faciliter la tenue comptable.

L’outil propose tous les basiques de facturation, mais se démarque surtout par des fonctionnalités financières avancées intégrées : suivi du cashflow et des budgets, gestion des notes de frais, paiement des fournisseurs en lots, rapprochement bancaire automatique des encaissements/décaissements…

✅ Avantages❌ Axes d’amélioration
Facturation + comptabilité + trésorerie dans un seul outil, idéal pour piloter l’activité globalement.Pas de formule gratuite
Import auto des factures fournisseurs (email, Drive, connecteurs opérateurs) et paiements fournisseurs groupés.Coût des modules avancés élevé 
Interface moderne et intuitive, support réactif, retours clients très positifs sur la facilité d’utilisation.

Pennylane propose des formules sans engagement. Pour les PME, l’offre débute à 49€ HT/mois (évolutif en fonction du nombre d’utilisateurs). Pennylane n’a pas de version gratuite, mais un essai de 15 jours est offert.

Découvrez Pennylane

Pennylane
Une plateforme tout-en-un pour la gestion de vos finances

3. Indy, l’outil de comptabilité automatisée pour les PME

Interface Facturation Electronique Indy
Aperçu de l’Interface Indy

Indy est un logiciel en ligne certifié anti-fraude TVA qui se démarque en proposant une offre de facturation 100% gratuite et illimitée.

Destiné aux micro-entrepreneurs, freelances et gérants de petites sociétés, Indy mise sur l’automatisation et la simplicité d’utilisation pour décharger ses utilisateurs des tâches administratives lourdes.

En pratique, Indy permet de créer très facilement devis et factures personnalisées (logo, charte graphique), de suivre les paiements en temps réel et de bénéficier de relances automatiques. Le tout est intégré à un tableau de bord de pilotage clair (suivi de chiffre d’affaires, trésorerie, dépenses, etc.).

✅ Avantages❌ Axes d’amélioration
Ultra-simple à utiliser : interface claire, tutoriels, automatisations poussées…Indy s’intègre peu à d’autres outils externes
Support client et communauté réactiveFonctionnalités encore en développement : en tant que solution jeune, certains modules manquent de maturité

En version gratuite, Indy couvre déjà une large part de ces fonctionnalités pour les obligations comptables simplifiées. Pour les besoins plus avancés, Indy propose un abonnement sans engagement.

En savoir plus sur Indy

Indy
Logiciel de comptabilité dédié aux indépendants

4. Abby, l’alternative accessible pour les PME

Creation Facture Electronique Abby
Aperçu de la Création d’une Facture Électronique sur le Logiciel Abby

Abby est une jeune solution française tout-en-un dédiée aux micro-entrepreneurs (auto-entrepreneurs) et aux PME.

Le cœur du logiciel est un module de facturation complet : devis et factures illimités, personnalisables (surtout dans les offres payantes), conversion devis en factures, factures d’acomptes, factures récurrentes automatisées et relances automatiques des impayés.

Abby intègre également un espace client en ligne où vos clients peuvent consulter et payer leurs factures, et même signer les devis électroniquement (limité à 2 signatures par mois en version gratuite).

✅ Avantages❌ Axes d’amélioration
Offre gratuite très complète : possibilité de débuter sans frais avec un outil déjà fonctionnelPas encore d’application mobile (prévue, mais pas sortie en 2025)
Interface intuitive, service client réactif, mises à jour fréquentes avec de nouvelles fonctionnalités.

Abby propose une formule basique gratuite (sans limite de durée) comprenant l’essentiel. Pour aller plus loin, 3 formules payantes sans engagement (avec 14 jours d’essai gratuit) sont proposées : Start (11€ HT/mois), Pro (19€ HT/mois) et Business (39€ HT/mois).

5. Evoliz, le logiciel français conçu pour les TPE/PME

Interface Facturation Electronique Evoliz
Aperçu du Traitement d’une Facture sur Evoliz

Evoliz est un logiciel français de facturation électronique et de gestion commerciale lancé en 2011, qui s’adresse aux dirigeants de TPE/PME, recherchant un outil en ligne complet pour piloter leur activité.

Solution « boîte à outils », Evoliz propose une large palette de fonctionnalités : édition illimitée de devis & factures bien sûr, mais aussi gestion des achats et stocks, suivi des dépenses et notes de frais, rapprochement bancaire, export comptable, gestion de projets, rapports de vente, etc..

Evoliz est doublement certifié AFNOR (NF203 et NF525) pour la facturation et la TVA anti-fraude, gage de sérieux et de fiabilité.

L’interface web, bien qu’un peu plus « business » dans son apparence, reste globalement intuitive.

✅ Avantages❌ Axes d’amélioration
Très complet et évolutifDéclarations fiscales non automatisées
Logiciel personnalisable & collaboratifPas de formule gratuite
Support client inclus & illimité

Les tarifs démarrent à 16€ HT/mois. Aucune version gratuite n’est proposée, mais un essai gratuit de 15 jours est disponible.

Le positionnement tarifaire est un peu au-dessus de la moyenne du marché, mais justifié par les nombreuses fonctionnalités proposées.

6. Esker, la solution de facturation cloud pour les PME en développement

Tableau de Bord Esker
Aperçu du Tableau de Bord sur Esker

Esker est une plateforme cloud pour automatiser la gestion des factures clients et fournisseurs des entreprises.

Elle s’intègre généralement aux ERP et logiciels comptables existants pour éliminer les tâches manuelles et accélérer les cycles de paiement.

L’outil supporte déjà tous les formats de facture électronique normés, Factur-X hybride, UBL, et CII.

En revanche, c’est une solution lourde pour une petite structure : l’interface orientée workflows d’approbation peut sembler complexe et “surchargée” de fonctionnalités inutiles à une petite PME (feedback fréquent des utilisateurs).

✅ Avantages❌ Axes d’amélioration
Automatisation puissanteTarification uniquement sur devis, souvent hors budget des PME
Éditeur expérimenté, infrastructure cloud sécurisée, support client excellent et réactif selon les avisPas de module de devis/CRM
Couverture internationale

Esker ne communique pas publiquement de grille de tarifs. En effet, l’outil est vendu sur mesure en fonction du volume de documents à traiter et des modules retenus. Il n’existe pas d’offre gratuite ni d’essai. Son positionnement est clairement haut de gamme.

7. Tiime, l’application intuitive de facturation pour les petites structures

Tiime - Facturation
Tiime – Facturation

Tiime est connue pour sa solution de facturation en ligne 100% gratuite qui a déjà conquis plus de 200 000 entreprises.

Le design est moderne et coloré, rompant avec l’austérité de certains logiciels concurrents, et l’ergonomie est souvent citée. Tiime est réputé facile à prendre en main même pour un utilisateur débutant.

La version gratuite de Tiime autorise la création illimitée de devis et factures (avec votre logo et vos infos), l’envoi par email, les relances clients, et le suivi des paiements sans débourser un euro. L’application inclut également un coffre-fort numérique archivant vos documents de vente pendant 10 ans (conformité fiscale).

✅ Avantages❌ Axes d’amélioration
Facturation 100 % gratuite illimitée : parfait pour démarrer sans frais.Quelques fonctionnalités manquantes : pas (encore) de virement international depuis le compte pro, prévisionnel de trésorerie…
Prise en main ultra-simple et design agréable
Support client réactif et à l’écoute

Tiime est l’une des rares solutions à offrir une version gratuite illimitée en facturation. Ensuite, deux abonnements payants sans engagement sont proposés : Start à 17,99 € HT / mois (essai gratuit de 2 mois) et Business à 17,99 € HT / mois (essai gratuit de 2 mois).

8. Axonaut, l’outil français de gestion d’entreprise tout-en-un pour les PME

Interface Axonaut
Aperçu de l’Interface Axonaut

Axonaut est l’un des meilleurs logiciels de facturation 100% en ligne lancé en 2017. Son credo : regrouper en une seule application la quasi-totalité des outils dont une petite entreprise a besoin au quotidien.

Ainsi, Axonaut propose à la fois : un module CRM (suivi des prospects/clients, relances commerciales), un module de facturation complet (devis, factures récurrentes, factures électroniques conformes, paiements en ligne, relances), un module de gestion des dépenses et achats (notes de frais, factures fournisseurs), un volet trésorerie et pré-comptabilité (rapprochement bancaire, export comptable), mais aussi des fonctionnalités de RH (gestion des congés et absences).

Axonaut a choisi la simplicité : une seule formule donnant accès à toutes les fonctionnalités, facturée par utilisateur. Le tarif officiel sans engagement est de 69,99€ HT/mois pour 1 utilisateur (puis ~15€ HT/mois par utilisateur supplémentaire).

✅ Avantages❌ Axes d’amélioration
Solution “tout-en-un”Pas d’offre gratuite
Ajouts réguliers de fonctionnalitésLe coût peut monter rapidement si plusieurs collaborateurs doivent accéder à la plateforme.

Il n’existe pas de version gratuite permanente, mais un essai gratuit de 15 jours est disponible. Le positionnement prix est donc dans la fourchette haute, mais compte tenu que l’offre est « tout compris » (pas de modules à ajouter), le rapport fonctionnalités/prix reste attractif pour les PME.

PS : pour aller plus loin, découvrez notre test et avis complet sur Axonaut.

Les questions fréquentes à ce sujet :

Quelle est la différence entre un logiciel de facturation classique et un outil de facturation électronique ?

Un logiciel classique génère des PDF. Un outil électronique comme Sellsy transmet les données au format structuré, sécurisé et interopérable avec les plateformes de l’État.

Est-ce obligatoire d’adopter un logiciel de facturation électronique ?

Oui, la loi française prévoit une généralisation progressive entre 2026 et 2027 pour toutes les entreprises. Sellsy est déjà prêt pour ces échéances, contrairement à certaines solutions encore en transition.

Faut-il un logiciel agréé pour émettre des factures électroniques ?

Oui, il faut utiliser un logiciel certifié PDP (Plateforme de Dématérialisation Partenaire) ou compatible avec le portail Chorus Pro. Sellsy s’est déjà positionné pour intégrer ces obligations, ce qui vous évite de changer d’outil en dernière minute.

Que signifie plateforme agréée immatriculée sous réserve par l’État ?

Une plateforme de facturation “immatriculée sous réserve” signifie qu’elle a été provisoirement reconnue par l’État : elle a déposé un dossier complet et conforme sur le plan administratif, mais doit encore prouver sa conformité technique (tests d’échanges, sécurité, formats, etc.) avant d’obtenir l’immatriculation définitive, prévue fin 2025.

Peut-on automatiser l’envoi des factures et des relances clients ?

Oui, la plupart des logiciels proposent des automatisations, mais toutes ne sont pas personnalisables. Sellsy se démarque avec des relances sur-mesure, programmables et intégrées au pipeline de vente.

Un logiciel de facturation électronique remplace-t-il un comptable ?

Non, mais il simplifie grandement la transmission des données. Par exemple, Sellsy permet de partager automatiquement vos journaux comptables avec votre expert-comptable, sans ressaisie.

Peut-on intégrer un logiciel de facturation à d’autres outils ?

Oui, certains logiciels proposent des intégrations natives ou via API. Sellsy propose des connecteurs avec des outils comme Stripe, GoCardless, ou des solutions e-commerce, ce qui en fait un hub complet.

Quelle solution privilégier pour une PME en croissance ?

Optez pour un logiciel évolutif, avec un support client réactif et des fonctionnalités avancées. Sellsy offre une plateforme complète qui peut accompagner la croissance sans avoir besoin de changer d’outil au bout de 2 ans.

Envie de tester gratuitement Sellsy ?

Sellsy
Un logiciel CRM français intuitif pour TPE et PME

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