12 logiciels pour gérer la facturation électronique d’une micro-entreprise

Pour une micro-entreprise, la facturation est une obligation lorsqu’un client le demande ou pour les montants supérieurs à certains seuils. Mais au-delà de la simple obligation juridique, un logiciel de facturation dédié présente plusieurs avantages comme la réduction du risque d’erreur (mentions obligatoires, numérotation, cohérence) ou encore l’automatisation des tâches fastidieuses (relances, modèles, duplication…). La réforme de la facturation électronique, qui va progressivement imposer l’usage d’un logiciel dédié à toutes les entreprises, se doit d’être anticipée. Les outils de facturation doivent évoluer pour intégrer des formats comme Factur-X, ou se connecter à des plateformes agréées (ex-PDP / plateformes de dématérialisation partenaires). Face à cette évolution, les micro‐entrepreneurs recherchent des outils simples, économiques et conformes. Voici les principaux logiciels adaptés aux auto-entreprises.

Notre sélection des solutions qui facilitent la vie des micro-entrepreneurs :

• Sellsy, la suite française qui transforme la facturation en un véritable levier commercial
• Qonto : l’outil qui vous aide à créer, envoyer et gérer vos factures en plus de gérer votre compte pro
• Indy, le logiciel gratuit illimité le plus facile pour démarrer
• Pennylane, le logiciel tout-en-un qui simplifie la vie des indépendants
• Abby, la solution freemium claire et accessible pour les indépendants
• Henrri, le logiciel de facturation 100 % gratuit
• Mon Portail, la plateforme pensée par et pour les auto-entrepreneurs
• Freebe, la solution de facturation fluide et connectée, taillée pour les freelances
• Tiime, le logiciel gratuit qui marie facturation et compte pro dans un outil tout-en-un
• FNAE, l’outil officiel et accessible pour rester en règle
• Evoliz, la solution française certifiée pour une facturation conforme
• Axonaut, le mini ERP français qui fait passer la micro-entreprise à la vitesse supérieure

1. Sellsy, la suite la plus aboutie pour une micro-entreprise qui structure ses ventes

Sellsy est une solution tout-en-un française pour les entreprises : CRM, devis, factures, marketing, relances, pré-comptabilité, reporting…

Pour une micro-entreprise qui structure déjà son cycle commercial (prospection → devis → signature → facture → relance), Sellsy apporte une continuité appréciable et des automatismes qui font gagner du temps.

Sellsy communique clairement sur la transition e-facture en France (formats, process) et se positionne comme Plateforme Agréée pré-immatriculée. Concrètement, c’est un gage de préparation aux flux PPF / Chorus Pro et aux exigences B2G/B2B à venir : utile pour une micro qui ne veut pas revivre une migration dans 12 mois.

Pour être payé vite (et plus régulièrement), Sellsy propose des connecteurs de paiement en ligne (Stripe / PayPal / Atos / Adyen), du prélèvement SEPA avec GoCardless, la gestion d’empreinte CB et même l’export SEPA XML. Une micro-entreprise peut ainsi proposer carte, virement instantané, ou prélèvement récurrent, et automatiser l’enregistrement des règlements.

✅ Avantages	❌ Axes d’amélioration
Suite riche en fonctionnalités	Prise en main qui demande un peu plus de temps dû aux nombreuses fonctionnalités avancées qui composent le logiciel.
Solution évolutive selon vos besoins	Pas de module gratuit ou d’offre freemium pour tester
Vision centralisée des interactions clients et de la facturation
Module de pré-comptabilité intégré qui aide au rapprochement bancaires / export des journaux
Gain de temps via l’automatisation des devis → factures → relances

Sellsy fonctionne par plans et licences. Vous pouvez ensuite ajouter des modules selon l’évolution du besoin.

Pour une auto-entreprise, on vous recommande de démarrer avec la licence Facturation à 39€ / mois / HT par utilisateur, puis d’ajouter paiements en ligne / GoCardless si nécessaire, et de ne passer au CRM que si un pipeline est nécessaire à votre activité.

2. Qonto : une solution simple pour gérer facturation et finances en micro-entreprise

Depuis 2017, Qonto s’est donné une mission claire : vous faire gagner du temps sur votre gestion financière avec un outil tout-en-un, simple à prendre en main. Pensé pour les indépendants et micro-entrepreneurs, Qonto permet de centraliser vos paiements, votre facturation et le suivi de votre activité sans complexité inutile.

À l’origine compte professionnel en ligne, Qonto intègre désormais un logiciel de facturation électronique complet, certifié Plateforme Agréée. Concrètement, vous pouvez créer, envoyer et suivre vos factures en quelques clics, depuis la même plateforme, sans surcoût. L’automatisation de certaines tâches (suivi des paiements, catégorisation des dépenses, rapprochement bancaire) vous évite de perdre du temps sur l’administratif, un vrai plus quand vous gérez seul votre activité.

Côté utilisation, tout est pensé pour aller à l’essentiel. L’interface est claire, fluide et accessible. L’outil s’adapte d’ailleurs parfaitement à votre statut : la mention légale de franchise en base de TVA s’ajoute automatiquement, et vous pouvez basculer sur une facturation avec TVA en un seul clic si vous dépassez les seuils. En visualisant rapidement vos encaissements, vous pilotez votre trésorerie facilement et préparez vos déclarations URSSAF sans vous noyer dans les chiffres.

En termes de prix, Qonto propose des offres sans engagement adaptées aux indépendants, comprises entre 9 et 29 € HT/mois selon les fonctionnalités et le volume d’opérations. Surtout, l’outil de facturation électronique est également proposé en version autonome et 100 % gratuite, sans obligation d’ouvrir un compte bancaire. Un positionnement idéal pour les micro-entrepreneurs qui cherchent une solution fiable, conforme pour 2026 et évolutive, sans exploser leur budget. 

3. Indy, le logiciel intuitif qui fait gagner des heures aux micro-entrepreneurs

Indy est un logiciel de facturation électronique français qui s’adresse directement aux indépendants et micro-entreprises avec un module de facturation 100% gratuit (devis/factures illimités) intégré à son offre de comptabilité et une montée Premium très abordable pour ajouter déclarations et automatisations.

L’interface est volontairement épurée et la prise en main rapide, ce qui en fait un excellent point de départ pour une micro qui veut facturer sans friction ni coût initial.

Les besoins plus avancés (relances élaborées, workflows spécifiques) demanderont en revanche le passage au payant ou l’adoption d’un outil plus étoffé.

✅ Avantages	❌ Axes d’amélioration
Simplicité d’utilisation : interface claire, facilité de prise en main	Certaines fonctionnalités essentielles (relances, automatisations) sont réservées à la version payante
Gratuité de la facturation illimitée	Outil un peu « léger » pour des usages avancés

Vous l’aurez donc compris, Indy est gratuit pour le module facturation (devis/factures illimités). La version Premium est de 12 € / mois HT.

4. Pennylane, la solution clé en main pour la facturation

Pennylane propose une plateforme qui centralise la facturation, la banque et la comptabilité, avec des flux bancaires, des paiements fournisseurs et un espace collaboratif pour l’expert-comptable.

Pour une auto-entreprise qui veut tout regrouper au même endroit (émission/réception de factures, rapprochement, écritures), c’est un gain de temps et une réduction d’erreurs.

✅ Avantages	❌ Axes d’amélioration
Logiciel unique pour la facturation et la comptabilité	Prix qui peut rapidement évoluer avec les besoins
Collaboration fluide avec l’expert-comptable	Outil complexe pour les indépendants
Très bon design de l’interface

Le prix d’entrée reste raisonnable pour les indépendants (à partir de 14€/mois/HT), mais l’addition peut monter en fonction des besoins (utilisateurs, modules), ce qui peut paraître “trop complet” pour les attentes d’une auto-entreprise.

5. Abby, l’assistant des micro-entreprises qui veulent tout gérer sans se compliquer la vie

Abby est une solution positionnée clairement pour les indépendants / micro-entrepreneurs. Elle met l’accent sur une expérience micro-first : on démarre gratuitement, puis on ajoute des briques (relances, connecteurs, automatisations) via des paliers transparents.

L’interface est moderne et la promesse, lisible : aller à l’essentiel sans perdre la conformité, avec une trajectoire de montée en gamme quand l’activité s’étoffe.

✅ Avantages	❌ Axes d’amélioration
Interface claire	Fonctionnalités avancées (automatisations, déclarations lourdes) réservées aux paliers payants
Démarrage gratuit / freemium adapté aux auto-entreprises	Pour des usages très spécialisés (stock, ERP), certaines limites possibles.

Côté tarif, la version gratuite est disponible avec les fonctionnalités de base. Vous avez ensuite des paliers payants avec des fonctionnalités plus avancées à partir de 9 € / mois HT et 14 jours d’essai gratuit.

6. Henrri, la référence des logiciels de facturation 100 % gratuits

Henrri s’est fait une place en tant que référence gratuite pour la facturation : devis et factures illimités, relances simples, conformité. Il est très souvent cité dans les classements comme “meilleur logiciel gratuit pour micro / TPE”.

Idéal pour un usage strictement facturation, il s’adresse aux micro-entrepreneurs qui souhaitent un outil de facturation simple et sans frais. En revanche, on reste sur un périmètre fonctionnel limité côté comptabilité/banque.

✅ Avantages	❌ Axes d’amélioration
Gratuité pour la facturation et relances.	Absence de module comptable intégré
Interface moderne	L’outil reste focalisé sur la facturation
Conformité e-facture

La version 100 % gratuite comprend les fonctionnalités de base (facturation, relances, devis). Les formules payantes proposent des fonctionnalités avancées pour des domaines spécifiques, l’usage multi-utilisateur ou qui nécessitent des fonctions métiers.

7. Mon Portail, l’outil pensé pour les auto-entrepreneurs

Mon Portail cible exclusivement les auto/micro-entrepreneurs, en combinant outil de facturation (facturation simple, suivi des recettes, edit de documents…) et accompagnement.

C’est une option rassurante pour qui veut un environnement aligné sur le statut micro, avec du support et des contenus dédiés. Elle vise la simplicité et la conformité pour ce statut.

Elle sera moins riche en briques financières avancées qu’une suite “généraliste”, mais très confortable pour rester dans le cadre micro.

✅ Avantages	❌ Axes d’amélioration
Outil pensé pour le statut micro avec des guides et accompagnement dédié	Moins de modules de comptabilité / bancaire avancée que certaines autres solutions
Alignement avec les obligations micro et simplification des tâches liées au statut	Peut manquer d’extension si l’activité se développe

Le logiciel est accessible à partir de 19,90 € / mois et sans engagement (avec 1 mois gratuit offert).

8. Freebe, la solution fluide pour les freelances

Freebe est un logiciel de gestion qui vise les indépendants prestataires de services (consultant, développeur, freelance…). Il met l’accent sur l’expérience utilisateur (UX).

On y retrouve une facturation claire, la synchronisation bancaire, des tableaux de bord et l’aide aux déclarations. L’ergonomie plaît pour sa fluidité et son vocabulaire “freelance”.

Pour des besoins de stock/produits, la solution pourrait être inadaptée

✅ Avantages	❌ Axes d’amélioration
Interface fluide	Fonctionnalités plus limitées pour les secteurs d’activité avec du stock
Intégration des obligations de déclarations sociales/impôts dans l’outil

Il faut compter environ 12,50 € HT / mois avec 30 jours d’essai gratuit pour bénéficier des fonctionnalités de Freebe.

9. Tiime, le logiciel pour tout gérer au même endroit

Tiime est un logiciel SaaS français fondée en 2015 qui propose des solutions de facturation, gestion financière et comptabilité, avec notamment un compte pro + carte intégrés. Elle vise les travailleurs indépendants / micro-entrepreneurs avec une offre “scalable”.

Il s’adresse aux micro-entreprises souhaitant commencer avec un outil gratuit de facturation, puis ajouter des modules (comptabilité, compte bancaire).

Le positionnement est clair : commencer sans barrière, puis monter en puissance lorsque les besoins deviennent plus important.

✅ Avantages	❌ Axes d’amélioration
Solution gratuite attractive et compétitif	Certaines fonctions sont devenues payantes (flux bancaire, automatisation)
Possibilité de monter en gamme lorsque les besoins s’intensifient	Pour des besoins basiques, l’outil peut être “plus qu’il ne faut”
Outil avec une forte notoriété
Combine facturation + compte pro / flux bancaires

Les formules débutent dès 17,99 € / mois avec 2 mois d’essai gratuit compris.

10. FNAE, la solution officielle des auto-entrepreneurs

Soutenu par la Fédération Nationale des Auto-Entrepreneurs, FNAE Gestion s’adresse aux auto-entrepreneurs qui souhaitent un outil très accessible (facturation, suivi des recettes…).

On y trouve une version gratuite, puis une formule abordable, avec un accent mis sur la simplicité, la conformité et les interactions avec l’URSSAF. Un bonne option pour ceux qui souhaitent rester proche des obligations du statut.

✅ Avantages	❌ Axes d’amélioration
Solution gratuite	Moins riche que les suites complètes (moins de modules financiers avancés)
Simplicité et cadre rassurant
Alignements avec le statut de micro-entreprise

Si la version gratuite proposée n’est pas suffisante pour vos besoins, il existe aussi une version Premium à 9,90 € / mois TTC avec essai de 15 jours offerts.

11. Evoliz, la solution fiable pour facturer en toute conformité

Evoliz se distingue par des fonctionnalités solides sur la facturation, la gestion de trésorerie, le suivi des paiements et met aussi l’accent sur sa conformité (NF203, NF525, Factur-X).

Elle convient aux micro entrepreneurs qui veulent un outil “fiable + évolutif » dès le départ.

Pour une auto-entreprise attentive à la conformité, c’est un choix pertinent. Le coût et la prise en main peuvent être moins adaptés si l’on n’exploite pas toutes les options disponibles et que le besoin reste minimal.

✅ Avantages	❌ Axes d’amélioration
Bon compromis entre richesse fonctionnelle et interface facile d’utilisation	Peut sembler “lourd” si l’on recherche une solution fonctionnellement simple
Rassure par ses certifications (labels/normes NF, Factur-X)	Budget qui peut vite évoluer en fonction des besoins de part les modules payants

Il n’existe pas de version gratuite. Néanmoins, il est possible d’essayer la solution pendant 15 jours gratuitement. Les formules payantes commencent à partir de 16 € / mois.

12. Axonaut, le logiciel complet des micro-entreprises ambitieuses

Axonaut joue dans la catégorie mini-ERP pour petites structures : CRM, gestion commerciale, facturation, trésorerie, reporting. C’est un outil d’organisation complet qui peut être intéressant si vous prévoyez rapidement un développement de votre entreprise en TPE.

Ce logiciel s’adresse surtout aux entreprises ayant déjà un flux commercial et voulant le centraliser. Par contre, si vous ne voulez que l’utiliser pour de la facturation, le ticket d’entrée paraîtra élevé.

✅ Avantages	❌ Axes d’amélioration
Modules multiples intégrés	Coût important pour une micro-entreprise
Solution évolutive et « tout-en-un »	Risque de voir le logiciel comme une “usine à gaz” si vous n’utilisez qu’une petite partie
Vision globale de l’activité

Les tarifs démarrent à partir de 34,99 € / mois pour 1 utilisateur. Il n’y a pas de version gratuite, mais un essai de 15 jours gratuit est proposé pour se familiariser avec la solution.

Les questions les plus fréquentes à ce sujet :

Est-ce que je dois utiliser un logiciel de facturation électronique dès 2026 en tant que micro-entrepreneur ?

La réforme française sur la facturation électronique impose à toutes les entreprises, y compris les micro-entreprises, d’émettre et recevoir des factures électroniques à partir de 2026. Les micro-entreprises ont toutefois jusqu’au 01 septembre 2027 pour se mettre en conformité. Sellsy est en cours d’obtenir sa conformité avec la réglementation.

Quels sont les risques à ne pas utiliser un logiciel certifié ?

Des sanctions peuvent s’appliquer en cas de non-conformité à la législation. Mieux vaut s’équiper d’un logiciel reconnu, comme ceux déjà compatibles PDP, dont fait partie Sellsy.

Quel est l’intérêt de souscrire à un logiciel de facturation électronique plutôt que d’utiliser Excel ?

Avec un logiciel comme Sellsy, vous gagnez du temps, évitez les erreurs de calcul et vous êtes automatiquement en conformité fiscale, ce qu’Excel ne permet pas.

PS : Si vous appréhendez de faire des factures, n’hésitez pas à regarder notre article sur l’élaboration des factures pour les micro-entreprises.

Est-ce compliqué de prendre en main un logiciel de facturation ?

Pas forcément. Certains outils comme Sellsy misent sur l’ergonomie et un onboarding guidé, pour une prise en main rapide, même sans compétences techniques ni comptables.

Est-ce qu’on peut gérer ses factures depuis un mobile ?

De nombreux logiciels proposent une application mobile (d’ailleurs, n’hésitez pas à aller lire notre article sur les applications de facturation pour micro-entreprise). C’est le cas de Sellsy, qui permet de gérer vos devis, factures et relances en déplacement.

Peut-on connecter ces outils à son compte bancaire ou CRM ?

Oui, les meilleurs logiciels de facturation s’intègrent avec d’autres outils comme les banques, CRMs ou plateformes de paiement. Sellsy, par exemple, offre un écosystème complet.